たいせん!ボス ゾッキー

海賊帽をかぶったゾッキーの親玉。巣からタマゴを取り、落として攻撃してくる。
4回タマゴをゾッキーにぶつけると勝利。前半はゾッキー自身がタマゴをつかんで落としてくる
後半は、ゾッキー自身が巣に頭をぶつけランダムにタマゴを落としてくる。
基本的には落ちてきたタマゴを踏んづけるか、避けるかしてタマゴを安定させる。
安定したタマゴを持ってゾッキーにぶつけるという流れ←持った状態でタマゴからゾッキーに当たるだけでOK
げきとつ!ボス クリーバー

生きたサーベル。体当たりしながら切り付けてきたり、火の玉を飛ばして攻撃してくる。
最初は溶岩の中から手が見えていて火の玉を投げて攻撃してくる。3発ほどかわすと上から大砲の玉が落ちてくるので、それをクリーバーに当てる。フックが出てくるので右側の足場に移動すると、大砲の玉があるのでクリーバーに当てる。そしたら次は左側の足場に行き、同じように大砲の玉があるのでクリーバーに当てる。
3発当てると、溶岩の中の手がなくなり、単体のクリーバーだけが宙に浮いた状態で向かってくる。タイミングを見計らってクリーバーの攻撃を避けると、無数のフックが出てくるので右側の足場へ移動する。そしたら右側の足場に大砲の玉があるのでクリーバーに当てる。当てたら、同じように左側の足場へと移動し、落ちてくる大砲の玉をクリーバーに当てる。また同じように今度は右側の足場へ向かい、足場にある大砲の玉をクリーバーに当てると勝利←最後は大砲の玉が落ちてくるまで時間がかかるので、真ん中のフックを使って少し時間稼ぎをする必要がある。
合計6発当てるとクリーバーは粉々になり勝利。
げきしん!ボス グラッバ

クラッパの色違い。大ジャンプによる地震を起こし、コングたちを動けなくさせてきます。また近づきすぎるとこん棒で攻撃してきます←特にTNTバレルを壊されやすい。
- 3回ジャンプした後にこん棒で攻撃、TNTタルを落とす。
- 3回ジャンプした後にこん棒で攻撃、TNTタルを落とす←ペースが速くなる
- 3回ジャンプした後にこん棒で攻撃、TNTタルを落とす←さらにペースが速くなる
- 3回小ジャンプした後に、TNTタルを落とす。
- 3回小ジャンプした後に、TNTタルを落とす←ペースが速くなる
- 3回小ジャンプした後に、TNTタルを落とす。←さらにペースが速くなる(勝利)
合計6回TNTタルを当てると勝利。
たいけつ!ボス キングB

ジンガーの親玉。対決時はスコークスに変身して戦う。
左右を上下に動いている。おしりの赤い針の部分にスコークスのタマゴを当てる。2回当てるとキングBが赤く光る無敵状態になり、360度8方向に針を発射してくる。このセットを3回繰り返す
キングBが通常のジンガーサイズになり、周りにジンガーを4体回らせながら近づいてくる。この周りのジンガーをすべて倒すと、真ん中のジンガーの色が黄色くなり、こちらの攻撃が通るようになる。
ジンガーにタマゴを当てると、少しの間赤くなる。この間は攻撃が通らない。少し経つとまた黄色に戻るのでタマゴで攻撃。合計3回タマゴを当てると勝利。
ふっかつ!おばけボス ゾッキー

ボスゾッキーがおばけとなって復活したもの。多数のゾッキーを配下につけている。
配下のおばけゾッキーが3体襲ってくる。4体目は通常のゾッキーなので、これを踏んで倒すとタルが出てくる。このタルをおばけボスゾッキーに当てる。当てた後はフックが出てくるので上にのぼっていく。道中タマゴが上下左右から飛んでくるので注意
配下のおばけゾッキーが4体襲ってくる。5体目が通常ゾッキーなので倒す。6体目にまたおばけゾッキーが襲ってくる。通常ゾッキーを倒すとタルが出てくる。このタルをおばけボスゾッキーに当てる。当てた後は同様にフックが出てくるので上にのぼっていく。やはりまた上下左右からタマゴが飛んでくる←すべてがペースアップしている
配下のおばけゾッキーが5体襲ってくる。6体目が通常ゾッキーで倒すとタルが出てくる。7体目、8体目はまたおばけゾッキーが襲ってくる。タルをおばけボスゾッキーに当てると勝利。
けっせん!キャプテンクルール

クレムリン軍団の親玉。今作のラスボス。
- 大砲の玉を出してくる。ボスが反対側へ移動。ラッパ銃で吸い込んでくるので大砲の玉を投げる
- トゲ付きの大砲の玉を真ん中に置いてくる。ボスが反対側へ移動。さらに反対側へ移動(もとの位置に戻る)。トゲ付きの大砲の玉が通常の大砲の玉へ変化。ラッパ銃で吸い込んでくるので大砲の玉を投げる
- トゲ付きの大砲の玉を2個置いてくる。ボスが反対側へ移動。さらに反対側へ移動。さらにさらに反対側へ移動。どちらかのトゲ付きの玉が通常の大砲の玉へ変化。ラッパ銃で吸い込んでくるので大砲の玉を投げる
- ボスが一度ひるんで、縛られたドンキーコングが登場←DKバレルが出てくる
- 高さの違うトゲ付きの玉を9発撃ってくる。10発目はタルなので、踏んで壊して中から大砲の玉を取り出す。ラッパ銃で吸い込んでくるので大砲の玉を投げる。
- ボスが反対側へ移動。バウンドする高さが3種類あるトゲ付きの玉を9発撃ってくる。10発目はタルなので、踏んで壊して中から大砲の玉を取り出す。ラッパ銃で吸い込んでくるので大砲の玉を投げる。
- ボスが反対側へ移動。トゲ付き玉の回転の大きさが3種類ある玉を9発撃ってくる。10発目はタルなので、踏んで壊して中から大砲の玉を取り出す。ラッパ銃で吸い込んでくるので大砲の玉を投げる。
- 再度ボスがひるんで、縛られたドンキーコングが登場←DKバレルがもらえる
- ボスが反対側へ移動。触れると動けなるガスを連続で3発撃ってくる。その後ゆっくりとボスが反対側へ移動。もう一度反対側へ移動している、その間に徐々に姿が見えなくなり、最終的には全く見えない(足元の砂煙を参考にボスの位置を把握)。さらにボスが反対側へ移動。すると大砲の玉が真ん中に出てくる。ラッパ銃で吸い込んでくるので大砲の玉を投げる。
- ボスが反対側へ移動。バウンドする触れると動きが遅くなるガスを連続で3発撃ってくる。その後トゲ付きの玉を3発撃ってくる。真ん中に大砲の玉が出てくる。ラッパ銃で吸い込んでくるので、大砲の玉を投げる。
- ボスが反対側へ移動。回転する触れると左右操作が反対になるガスを連続で3発撃ってくる。その後瞬間移動みたいな感じで、ボスがラッパ銃で4回吸い終わった後、大砲の玉が出てくる。5回目をラッパ銃で吸い込んでいる時に大砲の玉を投げる。
ふたたび!キャプテンクルール

どのようにして生還したのかは不明だが、再びキャプテンクルールと戦うことになる。
当たると左右操作が逆になる紫色のガスを1発撃ってくる。その後高さが違うトゲ付きの玉を7発撃ってくる。再び紫色のガスを2発、そしてトゲ付きの玉を8発、そして紫色のガスを3発、高さが同じトゲ付きの玉を8発撃ってくる。スピードの違う紫色のガスを1セット2発撃ってき、スピードの違うトゲ付きの玉を1セット2発、1セット3発、1セット4発撃ってくる。再び高さが違う紫色のガスを1セット3発連続で撃ってき、高さの違うトゲ付きタルを1セット3発、そしてもう一度トゲ付きタルを1セット3発撃ってくる。その後先ほどと同じトゲ付きタルを1セット3発撃った後、少しタイミングを遅らせて追加でトゲ付きタル1発撃ってくる。これをもう一度繰り返す。(トゲ付きタル3発、少し遅れてトゲ付きタル1発)最後はタルを撃ってくるので破壊して大砲の玉を取り出し、ラッパ銃で吸い込んできたタイミングで大砲の玉を投げ込めば勝利。
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